Первые упоминания о Керкинитиде относятся к V веку до нашей эры; очевидно, город возник за несколько десятиелтий до этого как небольшая милетская колония: Милет, крупный ионийский полис, в ту пору был одним из крупнейших торговых центров всего Средиземноморья. Следует отметить, что Керкинитида была отнюдь не единственной колонией милетян. Феодосия, Киммерик, Пантикапей (Керчь) - все эти города были основаны переселенцами из Ионии.
Происхождение топонима неизвестно. Возможно, название города связано с именем одного из крупных торговцев; возможно, связано с наречиями местных племен.
Уже к середине V века Керкинитида была довольно значительным портовым городом с населением в несколько тысяч человек. О ней упоминает знаменитый античный историк Геродот:
...исконная Скифия... начинается от устья Истра, обращена к югу и простирается до города, называемого Каркинитидой. Отсюда идет гористая страна, лежащая вдоль того же моря. Она выдается в Понт и населена племенем тавров вплоть до так называемого Херсонеса Скалистого.
Благосостояние жителей обеспечивала торговля зерном, виноградом, рыбой и солью. Тогда же в городе начинается активное каменное строительство и даже начинается чеканка собственной медной монеты.
В IV веке до нашей эры Керкинитида, существовавшая как независимый полис, попадает под контроль еще более крупного и могущественного Херсонеса. Доподлинно неизвестно, была ли война между городами-государствами или же присоединение состоялось добровольно, однако известно, что в то же время в Керкинитиде были возведены каменные оборонительные стены, фрагменты которых дошли до наших дней.
Планировка Керкинитиды была типична для своего времени: в городе было несколько ворот, сам он был поделен на кварталы (общим числом 18 или даже 20), на холме находилось главное укрепление - небольшой акрополь. Известно также, что в городе почитали Зевса, Диониса, Геракла. Также считается, что в Керкинитиде, как и во многих других греческих городах-колониях, регулярно проходили театральные представления, соревнования музыкантов, ораторов и спортсменов.
В III веке до нашей эры все западное побережье Крыма начинает страдать от набегов скифских кочевников. В конечном итоге в середине II века скифы захватывают Керкинитиду, вынуждая значительную часть греков переселиться к Херсонес и Пантикапей.
Разумеется, цивилизованным жителям Херсонеса подобное положение дел не нравилось. Они призвали на помощь царя Митридата, тогдашнего правителя Боспорского царства. Митридат прислал на помощь Херсонесу полководца Диофанта и отряд из 5-6 тысяч воинов, которые сумели победить многократно превосходящие войска противника. О доблести боспорцев и херсонесцев пишет древнеримский историк Страбон:
Роксоланы воевали даже с полководцами Митридата Евпатора под предводительством Тасия. Они пришли на помощь Палаку, сыну Скилура, и считались воинственными. Однако любая варварская народность и толпа легковооруженных людей бессильны перед правильно построенной и хорошо вооруженной фалангой. Во всяком случае роксоланы числом около 50 000 человек не могли устоять против 6000 человек, выставленных Диофантом, полководцем Митридата, и были большей частью уничтожены.
Он же упоминает, что Диофант после победы возвел небольшую крепость для размещения гарнизона, однако точное ее местонахождение неизвестно.
Керкинитида в итоге оказалась разорена, и лишь очень немногие жители вернулись в родные места. Возрождение города шло медленно, однако во времена, когда на территории Крыма утвердилось римское владычество, город вновь существовал как аграрный и торговый центр.
До середины III века Керкинитида существует как провинциальный порт. Около 250 года Римская империя, уже начавшая приходить в упадок, вывела значительную часть своих гарнизонов из Крыма и Причерноморья. На полуострове утвердились кочевые племена, которые, вероятно, вновь разорили Керкинитиду.
О дальнейшей истории города мало что известно. Возможно, во времена усиления Византии здесь существовал небольшой порт. Также известно, что в XIII веке на территории Керкинитиды находилось небольшое поселение, недолго входившее в состав государства Феодоро, а позже бывшее малозначительным итальянским портом. В XVI веке чуть в стороне от руин древнего города вырастает Гёзлев - татарская крепость, превратившаяся со временем в крупный город. После присоединения Крыма к России Гёзлев стали называть Евпаторией.
Археологические исследования на территории Керкинитиды велись с конца XIX века. В начале 2000-ых гг. в Евпатории на улице Дувановской сложился музейный комплекс, посетители которого могут ознакомиться с древними слоями, вскрытыми в результате раскопок.
